L'arborescence de base d'AppFuse comprend dès l'installation la liste de dossiers suivant :
 

- Le dossier "build" contient l'ensemble du projet compilé que vous allez déployer sur votre serveur web ;
- Le dossier "docs" contient votre java doc ;
- Le dossier "lib" contient les librairies que vous souhaitez ajouter à votre projet ;
- Le dossier "metadata" est un dossier important qui contient vos fichiers de configuration tel que le struts-actions.xml (metadata/web);
- Le dossier "src" contient les sources de votre projet, soit l'ensemble de vos classes java (*.java);
- Le dossier "test" contient les claases compilées de vos tests unitaires ;
- Le dossier "tools" contient les configurations necessairent à la génération de la partie Struts ;
- Le dossier "web" contient l'ensemble de vos développements web, c'est à dire vos pages JSP/HTML, vos scripts Javacript, vos fichiers properties.

 
De façon pratique, nous pouvons vous présiser que vous allez travailler le plus souvant dans le dossier "web" ainsi que dans le dossier "src" de votre application.

L'arborescence de base d'AppFuse comprend dès l'installation la liste de fichiers suivant :
 

- Le fichier ".classpath" décrit comme dans tous projets sous Eclipse, le path de vos librairies et vos sources ;
- Le fichier ".project", est le descripteur de votre projet ;
- Le fichier "build.properties" contient les librairies que vous souhaitez ajouter à votre projet ;
- Le fichier "build.xml" est le script Ant qui vous permet de manipuler à souhait votre projet (compilation, installation, deployement, etc.);
- Le fichier "database.properties" contient l'ensemble des informations de connexion hibernate ;
- Le fichier "project.xml" est le descripteur AppFuse de votre projet (autheur de l'application, e-mail, url, etc.) ;
- Le fichier "properties.xml" contient vos préférences de compilation, ainsi que les paths des librairies de référence utilisées (Hibernate, Xdoclet).

 
De même que pour les dossiers, nous pouvons vous indiquer que vous travaillerez le plus souvent avec le fichier "build.properties" situé à la racine, mais aussi ceux contenus dans le dossier "web\WEB-INF".